宇宙世紀0087年，地球聯邦軍的菁英組織「迪坦斯」與反地球聯邦組織「幽谷」依舊持續著內戰狀態。卡密兒在地球空降作戰之後，認識了幽谷之支援組織「卡拉巴」的小林隼人等人，他們一邊抵抗著迪坦斯的追擊，一邊等待回到宇宙的機會。

某天，卡密兒為了補給而來到新香港，並在那裡遇見了一個令他心儀的神祕少女「鳳」。由於鳳是迪坦斯的強化人，兩人的相遇已屬大忌，但卡密兒的心卻因為鳳的出現而受到愛與苦惱的煎熬；經過一場充滿哀愁的戰鬥後，鳳抱著必死的決心將卡密兒送上了宇宙。

卡密兒回到了宇宙之後，等待著他的卻是戰況更加激烈的戰場，以及新型MS「Z鋼彈」。迪坦斯的手段越來越殘暴，不斷進行著殘酷的殖民衛星摧毀作戰，並對月面都市展開炸彈恐怖攻擊，而聯邦的政局此時也產生巨大的變化：幽谷的指導者佈列克斯準將遭人暗殺身亡，由木星歸來的男子希羅克則逐漸擴大其在迪坦斯內部的勢力…。

另一方面，第三勢力也開始有了積極的動作，那就是舊吉翁軍的殘存勢力「阿克西斯」。成為卡密兒全新力量的「Z鋼彈」，即將在混亂的戰場上殺出一條生路！